有機肥發酵設備的工作原理因設備類型不同會有一定差異，但總體來說都是利用微生物的作用將有機廢棄物轉化為有機肥，常見的有以下幾種工作原理：

1、好氧發酵原理：

氧氣供應與微生物增殖：在好氧發酵過程中，首先需要保證充足的氧氣供應。設備通過送風機、通風管道等裝置，將空氣不斷輸送到發酵物料中。氧氣進入物料後，好氧微生物如細菌、真菌等開始大量繁殖。這些微生物以有機廢棄物中的有機物為食，在生命活動過程中分解有機物，同時釋放出熱量。

溫度升高與有機物分解：隨著微生物的不斷繁殖和代謝活動的進行，發酵物料的溫度會迅速升高。一般在 1-2 天內即可進入高溫期，溫度可達到 60℃甚至更高。在高溫環境下，有機廢棄物中的大分子有機物如蛋白質、纖維素、半纖維素等被微生物分解成小分子的物質，如氨基酸、葡萄糖、有機酸等。這些小分子物質更容易被植物吸收利用，同時也使有機廢棄物的體積減小、重量減輕。

攪拌與勻翻的作用：為了使發酵物料能夠充分與氧氣接觸，保證發酵的均勻性，有機肥發酵設備通常配備有攪拌裝置或翻堆裝置。這些裝置不斷地對物料進行攪拌、勻翻，讓物料中的各個部分都能得到充足的氧氣，從而提高發酵效率和質量。

水分蒸發與腐熟：在發酵過程中，物料溫度升高會導致水分蒸發。隨著水分的逐漸減少，物料的含水率會下降到合適的範圍，有利於後續的加工和使用。經過一段時間的發酵，有機廢棄物中的病原菌、蟲卵、雜草種子等有害生物會被高溫殺死，有機物也被充分分解和腐熟，最終形成了穩定的、無害化的有機肥料。