1.有機肥料不但含有植物所需的大量營養元素和微量元素，而且還含有豐富的有機養分，如腐植酸、維生素、生長素、抗 生素和有機氮磷小分子化合物等。另外，有機肥的用量允許有很大的變化，一般不會損害農作物的生長。施用有機肥不但能在當季增加作物產量，而且在年後效果緩慢持久。
2.土壤微生物在有機質轉化過程中起著重要作用是衡量土壤肥力水平的重要指標之一。例如，土壤中有機質的礦化過程、土壤中有機氮磷的有效性過程、豆科植物的生物固氮過程都與土壤微生物的作用有關。因此，施用有機肥一方麵增加了土壤有益微生物的數量和數量，另一方麵為土壤微生物活性提供了良好的環境條件，顯著提高了土壤微生物活性。
3.保持和促進土壤養分平衡。植物從土壤中吸收的各種養分，可通過施用有機肥，以植物殘體的形式返回土壤。回歸的程度主要取決於各種有機肥源是否充分積累、合理施用和殘留回收率。在農業生產中，隻 有抓住這平衡環節，才能使化肥配施條件下的土壤肥力螺旋上升。因此，施用有機肥是衡量土壤肥力的重要措施。
4.降低肥料投入成本。有機肥可就地施用，來源廣，成本低。增加有機肥的施用量，不但可以提高土壤肥力，增加土壤養分，還可以提高化肥的利用率，並相應減少化肥用量，從而降低農業投入成本。有機肥料的上述特性和功能決定了其在現代可持續農業中具有不可替代的作用。
