一、好氧發酵階段：
好氧發酵是有機肥生產線的初始階段，主要通過5天以上55℃-70℃的高溫作用降低生產原料（畜禽糞便、有機物料）的水分、消除惡臭、殺滅病原菌、蛔蟲卵等有害生物、殺死雜草種子，通過好氧微生物的活動初步分解纖維、蛋白質、多糖等大分子有機物。此過程可使用翻拋機進行翻拋，增加通風量和氧氣含量，加速發酵過程。
通過好氧發酵階段肥料在生理生化指標上已經達到國標要求，法律上可以上市銷售，但還不是真正的有機肥料，要成為真正的有機肥料還必須經過厭氧發酵過程。
好氧發酵的作用：
1、降低水分；
2、消除惡臭；
3、初步降解纖維素、蛋白質、多糖等大分子有物質；
4、殺滅病原菌、蛔蟲卵、雜草種子等有害生物初步降解纖維素、蛋白質、多糖等大分子有物質。
二、厭氧發酵階段：
原料經過好氧發酵階段，在生理生化指標上可以達到國標要求，水分將得到30%以下。但此時肥料中的大分子有機物絕大部分還沒有分解，如果使用，會因為大分子繼續分解產生熱量而發生“燒苗”的現象。所以還必須經過厭氧發酵階段，在厭氧微生物的作用下可以將纖維素、蛋白、多糖等大分子有機物徹底分解成單糖、氨基酸等可被植物根係直接吸收利用的營養成分；在此過程中較重要的是腐殖酸形成，使有機肥真正成為富含氮磷鉀、有機質、腐殖酸、中微量元素的全價肥料。
厭氧發酵作用：
1、腐殖酸的形成；
2、將纖維素、蛋白、多糖等大分子有機物徹底分解成單糖、氨基酸。
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