有機肥的生產主要包括：1原料準備；2發酵腐熟；3製粒成型；4質量控製。在原料準備環節：需要對原料的成分進行化學分析和進行粉碎，在將原料混合時還需調節水分、調整碳氮比以及調節pH。在發酵腐熟環節：需要接種發酵菌，進行曝氣以確保堆體內含有合適的氧氣，進行翻拋以控製堆體溫度和促進水分的散發。發酵腐熟的有機肥可以直接施於大田作物，也可以進行製粒。在製粒成型環節：需要經過粉碎、配料、混合、造粒、烘幹、功能菌（有時可添加）、冷卻7個步驟。製成的顆粒狀有機肥一般用於花卉、果蔬和大棚作物。為了確保有機肥的質量需要進行質量控製，檢測有機肥相關指標，然後根據有機肥準判定是否合格。
大量的畜禽糞便不僅造成嚴重的環境汙染，而且嚴重製約了畜牧業的持續穩定發展。在環境保護意識日漸增強的今天，已成為人們普遍關注的問題。進入21世紀，畜禽糞便調節水分後生產有機肥料，變廢為寶，已經得到了人們的普遍認同。
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